IDEA EAP 129.60からエンコード指定と改行コード指定ができるようになってた

Use the UTF-8, Luke! File Encodings in IntelliJ IDEA | IntelliJ IDEA Blog

以前、エンコード指定は「そのエンコードで読み込み直し」しかできないって言ったけど、IDEA12.1（正しくは build 129.60）からはエンコード変換もできるようになったみたい。
→ IntelliJでファイルの改行コードを指定する - marsのメモ

さらに言うと、改行コードの変換もしてくれるようだ。

普通のエディタっぽいことができるようになることは良い事だ。たぶん、WebStormとかの他のIDEも順次サポートしてくことでしょう。