Subversionとリファクタリング

Subversionとリファクタリング（と言ってもRenameだけ）って相性悪いような気がする。
IntelliJ IDEAでもEclipseでもいいんだけど、JavaでパッケージのRenameすると、Subversionに断りなくディレクトリ消しちゃうんで、あとでローカルとリポジトリのつじつま合わせが大変だった。

CVSでも似たような目に会う事ないのかな？CVSは大抵のIDEがサポートしているから、IDEがなんかやっててくれるんだろうか？